1出願多区分指定と複数出願のメリット・デメリットを教えて下さい。

2区分1出願で依頼を受けたのに対し、1区分毎に2出願することをお勧めする場合があります。
これは、確実に登録になる区分は早期に権利化を図ることで、全ての商品が拒絶査定となることを防止するためです。

2区分1出願の場合ですと、2区分のうち片方が商標権の要件を満たしていても、もう片方の区分が商標権の要件を満たさない場合には、双方とも商標の登録ができないということになります。

したがって、この方式で出願した場合には、重要性の高い区分が商標権に関する要件を満たしていると考えられていても、もう片方の重要性の低い区分が商標権の要件を満たしていないと判断されるために、両方とも登録とならずに拒絶査定となり、競合他社が同一又は類似の商標をその重要性の高い区分と同一区分で登録してしまうことにより、大きな経済的損失を蒙るというケースも想定されます。

このような場合には、1区分毎に2出願をしていた方が結果的には良い選択だったということになります。
商標登録の出願に際し、重要度の低い区分を登録する場合にはこのような提案はしませんが、重要度の高い区分と重要度の低い区分がある場合には、分けて出願することを提案することがあります。

以上は、1出願多区分指定のデメリットですが、反対にメリットとしては、出願費用が安くなることや存続期間更新手続き等の商標権の管理がしやすくなること等が挙げられます。
なお、他区分で出願し、拒絶理由通知書がきた時に分割出願を行うということもできますので、分割をおすすめすることもあります。